Estudiantes en La Copa Libertadores: Edición 2006

07/02/06 en La Paz: Bolívar 1 (Límberg Gutiérrez), Estudiantes 0
 
21/02/06, en Quilmes: Estudiantes 4 (José Luis Calderón 2 (1p), Mariano Pavone y Pablo Lugüercio), Sporting Cristal 3 (Jorge Soto 2 (1p) y Amilton Prado)
 
09/03/06 en Bogotá: Independiente Santa Fe 3 (David Montoya, Gabriel Gómez y Luis Yañez), Estudiantes 1 (Mariano Pavone)
 
21/03/06, en Quilmes: Estudiantes 1 (Pablo Lugüercio), Independiente Santa Fe 0
 
04/04/06 en Lima: Sporting Cristal 2 (Jorge Soto (p) y William Chiroque), Estudiantes 2 (Mariano Pavone y José Luis Calderón)
 
13/04/06, en Quilmes: Estudiantes 2 (Mariano Pavone 2), Bolívar 1 (Miguel Cuéllar)
 
25/04/06, en Quilmes: Estudiantes 2 (Diego Galván y José Luis Calderón (p)), Goiás 0
 
04/05/06 en Goiania: Goiás 3 (Vítor, Nonato y Juliano), Estudiantes 1 (José Luis Calderón)
 
10/05/06, en Quilmes: Estudiantes 1 (Agustín Alayes), Sao Paulo 0
 
19/07/06 en San Pablo: Sao Paulo 1 (Edcarlos), Estudiantes 0
Definición por penales. Para São Paulo convirtieron: Ricardo Oliveira, Rogério Ceni, Fabao y Junior. Martín Herrera atajó el tiro de Danilo. Para Estudiantes convirtieron: José Luis Calderón, Juan Elías Cominges y Pablo Ariel Lugüercio. Rogerio Ceni atajóel tiro de Agustín Alayes y Marcelo Carrusca desvió su remate. Sao Paulo 4, Estudiantes 3
 
Eliminado en Cuartos de Fina.